В отношении общества – строительной организации проведена выездная налоговая проверка за период 2015-2016 годов, в ходе которой ИФНС было установлено, что налогоплательщик при передаче имущественных прав на нежилые помещения не предъявлял к оплате покупателю соответствующие суммы НДС, при этом в ходе строительства объекта не заявлял налоговые вычеты. Поскольку налоговый орган не выявил действительный размер налоговых обязательств налогоплательщика, общество представило в 2020 году уточнённые налоговые декларации по НДС с суммами к уменьшению. Поскольку по результатам камеральных проверок уточнённых деклараций по НДС никаких решений принято не было, общество в 2020 году направило заявления о зачёте суммы переплат по налогу в счёт предстоящих платежей, но получило отказ в связи с пропуском трёхлетнего срока на зачёт, предусмотренного статьёй 78 НК РФ.

По мнению заявителя, налоговым органом неправильно определён момент, когда налогоплательщик узнал о наличии у него переплаты. Не согласившись с позицией налогового органа заявитель обратился в арбитражный суд. Решением Арбитражного суда города Ямало-Ненецкого автономного округа от 08.02.2021 по делу № А81-9355/2020, оставленным без изменения Постановлением Восьмого арбитражного апелляционного суда от 04.05.2021 № 08АП-3186/2021 в удовлетворении требований отказано. По мнению судов первой и апелляционной инстанций по правилам налогового законодательства Российской Федерации понятие «налоговый период» связано не с моментом, в котором применяются налоговые вычеты, а с моментом, за который определяется налоговая база для целей уплаты упомянутого налога по операциям реализации. Кроме того, в связи с отсутствием решений по камеральным проверкам суд не вправе проводить их самостоятельно вместо налогового органа и поэтому представление документов, подтверждающих правомерность налоговых вычетов непосредственно в суд не может быть основанием для признания незаконным решения налогового органа.

С указанными судебными актами не согласился суд кассационной инстанции. Отменяя решение и постановление судов первой и апелляционной инстанций и направляя дело № А81-9355/2020 на новое рассмотрение в суд первой инстанции Арбитражный суд Западно-Сибирского округа в Постановлении от 05.08.2021 № Ф04-4380/2021 указал следующее.

В ходе ВНП было установлено, что общество включало в налоговую базу НДС только стоимость вознаграждения как разницы между суммами, полученными от покупателей объектов и израсходованными непосредственно на строительство, при этом остальную часть полученных денежных средств в налоговую базу не включало исходя из их инвестиционного характера и мотивируя тем, что оно не является генеральным подрядчиком и осуществляет функции заказчика-застройщика. При этом общество не занималось исключительно посреднической деятельностью, фактически оно являлось застройщиком, осуществляющим одновременно функции генерального подрядчика, поэтому налоговым органом была произведена переквалификация необлагаемых операций по НДС в облагаемые, однако налоговые вычеты налогоплательщику предоставлены не были. Поскольку общество считало спорные операции не облагаемыми НДС, оно не могло заявить вычеты по ним, а о праве на вычеты обществу стало известно только после переквалификации данных операций в ходе ВНП.

В Определениях Конституционного Суда Российской Федерации от 03.07.2008 № 630-О-П, от 01.10.2008 № 675-О-П сформулирована правовая позиция, согласно которой если реализации налогоплательщиком права на возмещение НДС препятствовали определённые обстоятельства, суд должен для правильного рассмотрения дела исследовать их и оценить. Налогоплательщик в рамках судопроизводства в арбитражном суде во всяком случае не может быть лишён возможности обратиться за защитой своего права на возмещение НДС; арбитражный суд в случае сомнений в правомерности применения (или отказа в предоставлении) налогового вычета обязан установить, исследовать и оценить всю совокупность имеющих значение для правильного разрешения дела обстоятельств (оплата покупателем товаров (работ, услуг), фактические отношения продавца и покупателя, наличие документов, подтверждающих уплату налога в составе цены товара (работы, услуги) и т. п.), которые должны учитываться при решении вопроса о возмещении данного налога, в том числе за пределами установленного пунктом 2 статьи 173 НК РФ срока, если реализации права налогоплательщика в течение этого срока препятствовали обстоятельства, связанные, в частности, с невыполнением налоговым органом возложенных на него обязанностей или с невозможностью получить возмещение, несмотря на своевременно предпринятые к тому действия со стороны налогоплательщика, и т. п.

Таким образом, обязанность суда по установлению обстоятельств, связанных с возникновением права на вычет при заявлении соответствующего требования в судебном порядке, в том числе за пределами трёхлетнего срока, в течение которого может быть реализовано такое право, связана с наличием или отсутствием у налогоплательщика объективных (находящихся вне зоны его контроля) препятствий для своевременной реализации данного права.

На данный момент дело ещё не рассмотрено судом первой инстанции на втором круге рассмотрения.